Для выполнения целей и задач, стоящих перед предприятием, в структуре ГУП «Мосводосток» имеются следующие подразделения:

Генеральный директор
Заместитель генерального директора по производству
ЭГТР-1
ЭГТР-2
ЭГТР-3
ЭГТР-4
ЭГТР-5
ЭГТР-6
ЭГТР-7
ЭГТР-8
ЭГТР-10
Флот
Производственное управление
Управление материально-технического снабжения
Ремонтно-эксплуатационная база
Служба эксплуатации и ремонта
Управление водолазных работ
Ремонтно-строительное управление
Отдел линейного контроля и безопасности дорожного движения
Заместитель генерального директора по экономической безопасности
Управление экологической безопасности
Управление экономической безопасности
Инспекционный отдел
Заместитель генерального директора по экономике и финансам
Финансово-экономическое управление
Центр по работе с абонентами
Заместитель генерального директора по вопросам административно-правового обеспечения
Управление делами
Управление кадров
Юридическое управление
Заместитель генерального директора
Управление капитального ремонта и строительства
Управление проектирования и перспективного развития
Строительно-монтажное управление
Главный инженер
Техническое управление
Управление технологических работ
Отдел главного механика и энергетика
Отдел инженерных работ
Вычислительный центр
Первый отдел
Второй отдел
Главный бухгалтер
Централизованная бухгалтерия